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La extinción de la responsabilidad disciplinaria del funcionario tiene lugar por cumplimiento de la sanción, la muerte del funcionario, o por prescripción de la falta o sanción, indulto y amnistía (art. 19 RRDF).

A estas hay que añadir una causa muy frecuente: que durante la sustanciación del expediente sancionador tenga lugar la pérdida de la condición de funcionario del inculpado, ordinariamente a petición propia. Para este caso, el reglamento prescribe que se dictará resolución en la que se declarará extinguido el procedimiento sancionador, sin perjuicio de la responsabilidad civil o penal que le pueda ser exigida, ordenando el archivo de las actuaciones administrativas.

Cierto que el art. 64 LEBEP prescribe ahora que "no podrá ser aceptada la renuncia cuando el funcionario esté sujeto a expediente disciplinario o haya sido dictado en su contra auto de procesamiento o de apertura de juicio oral por la comisión de algún delito". Un precepto que el profesor Parada considera anticonstitucional y contrario a los intereses de la propia Administración.

La LEBEP por tanto sólo se refiere a la prescripción como forma de extinción de la responsabilidad disciplinaria. A este efecto determina que las infracciones muy graves prescriben a los 3 años, las graves a los 2 años y las leves a los 6 meses, empezando a contar desde que la falta se hubiera cometido, y desde el cese de su comisión cuando se trata de faltas continuadas.

En cuanto a las sanciones la LEBEP prescribe que las impuestas por faltas muy graves prescribirán a los 3 años, las impuestas por faltas graves a los 2 años y las impuestas por faltas leves al año. El plazo de prescripción comenzará a contarse desde la firmeza de la resolución sancionadora.